Это необычный роман, в том числе и по структуре: человек приезжает в Алма-Ату и вспоминает, как жил здесь в ссылке в 30-е годы. Фабулы, считают критики, почти нет. Роман словно состоит из разных эпизодов, вложенных рассказов: про архитектора Зенкова, про художника Хлудова, про яблоки апорт. Это вещи, на которых фокусируется внимание рассказчика, и они важны и интересны рассказчику, они составляют ткань жизни, может быть, поэтому роман довольно легко читается: он хорошо «рассказан».

Но Домбровский здесь применяет и толстовский прием, известный нам по «Войне и миру»: он использует сюжет, чтобы поговорить о важном для себя, выразить сокровенные мысли, вложив их в уста своих героев.
«Хранитель…» – это не просто «лагерная» проза. Домбровский выводит роман (и его читателя) на уровень мировоззренческий. Он пишет о мировоззрении испуганного интеллигента, который пытается спрятаться от жизни среди древностей, среди кувшинов, монет и черепков. Это герой, страдающий от рока, который его преследует (этот рок можно назвать и Системой). Хранитель уклоняется от рока и не может уклониться, поэтому он герой трагический. В этом смысле он, как К. в «Процессе» Кафки, переживает абсурд существования, но у него уже нет выбора: слепой рок уже взял его в свой оборот, нужная бумага уже ушла «на визу».

Впрочем, его постоянные конфликты с представителями бездушной системы, с посланцами этого рока, не похожи на стратегию тихого выживания в его лавке древностей. Объяснение этому предлагает участник дискуссии Елена Калашникова: «Главный герой у Домбровского всех задевает, даже когда молчит, потому что он живёт в своей системе координат, общечеловеческой. Всё, что он делает, говорит, происходит из этой общечеловеческой системы ценностей и противоречит той системе, которой подчиняется общество. Вот он и торчит, как камешек, высовывается, мешает гладкому функционированию системы. Поэтому он и Хранитель древностей, того, что накоплено человечеством. Отсюда – портрет Кастанье, который он не хочет снять: надо хранить [ценности], нельзя отказываться. И музей здесь не место, чтобы отсидеться, а хранилище наследия, того лучшего, что люди создавали, будь то картины Хлудова или собор, который построил Зенков, даже орнамент на кувшинах».

Подтверждение этой мысли находим у самого писателя. В заметках «К историку» он пишет: «Мне была дана жизнью неповторимая возможность — я стал одним из сейчас уже не больно частых свидетелей величайшей трагедии нашей христианской эры. Как же я могу отойти в сторону и скрыть то, что видел, что знаю, то, что передумал? Идет суд. Я обязан выступить на нем!» Это, несомненно, мировоззренческий, ценностный подход, который лежит в основе романа. Вероятно, писатель, как и его герой, верил (как пишет его племянница Далила Портнова), что после мрака обязательно наступит свет. Из воспоминаний Портновой: «Когда-то он писал своему другу Леониду Варпаховскому, театральному режиссеру, ученику Мейерхольда и тоже «тертому сидельцу»: «Ожидаю всего хорошего, ибо оно неизбежно и исторически обусловлено. Худ, страшен, беззуб. Все равно повторяю из Сервантеса — после мрака надеюсь на свет. Ведь мы тоже как бы Дон-Кихоты». «Не может беззаконие продолжаться вечно. Я верю, что кто-то наконец нажмет на стоп-кран», – это слова Домбровского.

Теперь понятно, почему Хранителю так близок «сейсмостойкий» архитектор Зенков: «Он как бы смеялся над разрушительной силой землетрясения, дразнил ее». Возможно, так же и Домбровский и его Хранитель смеялся на разрушительной силой Системы, дразнил ее, как дразнил уголовников герой его стихотворения «Меня убить хотели эти суки».

Трагикомическая история про удава, который якобы ел яблоки и сумел выжить зимой в пещере, проходит через весь роман. Этот удав – многослойный символ. Как считает о. Дмитрий Савельев, сюжет романа опирается на культурные и библейские архетипы, отражающие адское и райское в обществе, и удав как раз такой архетипический образ. «Образ возникает из ничего и становится действующим лицом». Удав – это и образ системы, удушающей человека, и образ удушающей любви (намек на это – в татуировке чешского журналиста), и иллюстрация того, как работает бюрократия, которая на бумагах может материализовать любого «поручика Киже» и из огромного полоза сделать питона, и иллюстрация стиля «советское прессы» и в принципе любой циничной рекламы и пропаганды.

«Хранитель древностей» - это способ выразить отстоявшиеся, выкристаллизовавшиеся за двадцать лет мысли о времени, об истории, о сути человека. Домбровский – это в полном смысле свидетель на суде истории, и к этой своей миссии он отнесся предельно серьезно.